Erhvervsfiskeriet i Horsens Fjord begyndte omkring 1860. Der var et rigt kulturmiljø omkring fiskeriet og dets aktører, som nu er næsten forsvundet, men det har været muligt at beskrive det ved hjælp af fiskeriforeningernes protokoller samt indsamling af fotos fra diverse kilder.
Fiskerne boede i Horsens, Glud Sogn, Sondrup Strand, Haldrup Strand, Boller Fiskerhus, Kanalhuset ved Aakjær og fiskerhuset ved Gyllingnæs. Der kom for alvor gang i fiskeriet omkring 1870 da svenske opkøbere kom sejlende til fjorden for at opkøbe fisk, fordi der var meget trange tider i Sverige. Samtidig kom jernbanen til Horsens og forbedrede afsætningsmulighederne yderligere.
I Horsens boede fiskerne, indtil åen blev fyldt op, langs åen, men flyttede herefter til primært Emil Boisensgade og Strandgade, som dengang gik helt ned til vandet. Men først i 1934 blev der etableret en fiskerihavn.
I Glud Sogn boede fiskerne flere steder i sognet, men i 1857 byggede en købmand fra Horsens Snaptun Pakhus og etablerede en mole ud til det dybe Hjarnøsund. Herefter begyndte et stigende antal mænd at fiske fra Glud Håb, Glud Mark, Tønballe Strand og afsatte sikkert fisk til købmanden. Men først omkring 1901 begynder der så småt at komme en egentlig by i Snaptun idet fiskere fra Vejle Fjord, Sdr. Stenderup, Skærbæk og Klinte indvandrede til Snaptun.
Ved Sondrup Strand bosatte de første fiskere sig omkring 1870. Det var primært familien Jensen Holm fra Samsø. Efter 1910 kom bl.a. flere fra Hamborgfamilien til fiskerlejet og senere lidt af Dvingefamilien. Deres børn overtog senere fiskeriet og blev de sidste fiskere ved fiskerlejet. Den sidste stoppede i 1978.
Før 1870 – 1880 blev der primært fisket med sildebundgarn, åleruser, kroge og stangjern. I 1870-erne gjorde drivkvasen sit indtog i bl.a. Horsens Fjord. Den viste sig at være meget effektiv til at fiske ål inde mellem ålegræsset med vod og blev derfor ret udbredt. Men i 1931 begyndte ålegræsset at visne i store dele af Nordatlanten, hvilket blev en katastrofe for fiskerne.
Nogle af fiskekvaserne fik senere ilagt motorer og var derfor stadig en hyppig båd i fjorden. Fiskernes foretrukne både var bundgarnsjoller, men i Snaptun var der efterhånden en del som anskaffede fiskekuttere på 15 – 20 tons så de også kunne fiske i Kattegat og lejlighedsvis i Vesterhavet. Derfor blev Snaptun efterhånden den vigtigste fiskerby i fjorden.
Omkring 2. Verdenskrig begyndte truslerne mod fiskeriet at gøre sig gældende. Det var primært urenset spildevand fra især Horsens, men skarven gjorde også sit indtog og stjal mange fisk fra fiskerne. Spildevandsrensningen var først helt på plads i 1994. I mellemtiden var skarven blevet totalfredet i 1980 så bestanden toppede i 1991 med over 5000 par.
